En el año 1800 se adquirió el latifundio o hacienda denominado "Juana de Oro", de
propiedad de los herederos Morla, con una extensión de 3000 hectáreas, siendo el predio más grande el de San Juan, en el cual con el paso del tiempo se dieron los primeros los primeros asentamientos de lo que hoy es la parroquia. Según la ley de División Territorial dictada por el Congreso de la Gran Colombia, con fecha 25 de Julio de 1824, muestra a Baba como uno de los cantones de la Provincia de Guayaquil, con Juana de Oro, Baba y Guare como parroquias.
Este territorio, fue dividido en departamentos con sus respectivos administradores, de tal manera que: Juana de Oro estaba administrada por el señor Román Franco y Víctor Sánchez, Bola de Oro, administrada por el señor Vidal Muñoz, Las Marías administrada por el señor Antonio Franco y San Nicolás por el señor José Franco.
Es pues, necesario mencionar que la Casa de Hacienda San Juan, fue quien inspiró para dar inicio a la creación de la altiva y progresista Parroquia San Juan. Fue construida en el año 1882 con una extensión de 360 metros cuadrados (30 m. de largo por 12 m. de ancho), posteriormente fue propiedad de los señores Seminario.
Por la situación geográfica, la Hacienda San Juan, fue el sitio elegido para ubicar un pequeño caserío, a orillas del río, hacia el norte se construyeron las viviendas de los primeros pobladores, la de don Julio Bolaños, de Félix Moreno, de Armando Moreno, de Jacobo Ramos que era panadero, funcionaba la autoridad, y más adelante se encontraba la Hacienda de los señores Crespo y la Hacienda América.
Con el paso del tiempo, se construyó un muelle, desde donde desembarcaban la mercadería y víveres de primera necesidad, y embarcaban productos propios de la zona para su exportación tales como el cacao, banano y café, de esta manera se fue convirtiendo en un sector importante para el desarrollo del comercio y la agricultura de la zona.
Las celebraciones religiosas de la comunidad católica, como bautizos y confirmaciones se las realizaba en una capilla construida para estos fines.
El servicio de alumbrado público se lo realizaba a base de candiles de mecheros, los mismos que alumbraban hasta una determinada hora; el abastecimiento de agua se lo realizaba a través de piletas.
En la hacienda se brindaba atención en medicina general tanto a los trabajadores como a los particulares; también contaba con un calabozo para infractores.
U n notable incremento poblacional se hace notorio, producto de migraciones atraídas por las plazas de trabajo que se ofrecían. Producto de esta situación de bonanza en la zona aparecieron los montoneros, que no eran otra cosa que delincuentes que azotaban varios sectores robando y asesinando a sangre fría sembrando el terror y miedo a sus habitantes; esto motivó a que los señores Seminario, ceda terrenos para formar el caserío que da origen a la hoy flamante parroquia San Juan.
Posteriormente en el año 1968, se presenta un conflicto laboral entre los dueños de la hacienda y los trabajadores que llevaban muchos años laborando en este latifundio, el fallo se dio a favor de los trabajadores, es entonces que a unos les pagaron su liquidación en efectivo y a otros con minifundios, de esta manera se divide gran parte de la Hacienda San Juan,
En la Asamblea de Cuenca las familias asentadas en este territorio por más de 15 años, solicitaron la Parroquialización de San Juan, lo que fue negado en primera instancia, posteriormente los dueños de los predios mayores de este territorio exigieron que se reconozcan sus derechos por los servicios prestados a lacomunidad, y solicitaron a la Asamblea se le anexe a SAN JUAN el nombre de JUANA DE ORO, por la existencia de muchos tesoros, como el oro, plata, cobre que eran extraídos por los trabajadores, así como por la abundante producción de cacao a la que en esta época se la llamaba la "Pepa de Oro". Finalmente, esta petición fue aceptada.
De esta manera se marca un hito muy importante en la vida de la Parroquia SAN JUAN DE JUANA DE ORO